| Item type |
紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1) |
| 公開日 |
2005-01-01 |
| タイトル |
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タイトル |
高温性カンピロバクターのゲノム解析と多遺伝子配列情報に基づく分子識別 : Campylobacter lariの16S rDNA |
| タイトル |
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タイトル |
Molecular discrimination based on the sequence information of multiple genes on the genomic DNA of thermophilic Campylobacter : Sequencing and analysis of the 16S rDNA of thermophilic Campylobacter lari and their reliability for molecular discrimination |
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言語 |
en |
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言語 |
jpn |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
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資源タイプ |
departmental bulletin paper |
| ページ属性 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
P(論文) |
| 記事種別 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
特集 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
FEATURE ARTICLES |
| 著者 |
松田, 基夫
三田, 明弘
村山, 洋
Matsuda, Motoo
Sanda, Akihiro
Murayama, Ohoshi
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| 所属機関 |
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麻布大学大学院環境保健学研究科 |
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麻布大学大学院環境保健学研究科 |
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麻布大学大学院環境保健学研究科 |
| Institution or Company |
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Graduate School of Environmental Health Sciences, Azabu University |
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Graduate School of Environmental Health Sciences, Azabu University |
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Graduate School of Environmental Health Sciences, Azabu University |
| 抄録 |
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内容記述タイプ |
Abstract |
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内容記述 |
解析したC. lari15株での配列の類似性は,98.2-100%であった。そして,驚くべきことに,今回の研究で配列決定されたUPTC株の1つでイギリスの海水中の二枚貝から分離されたNCTC12896株の16SrDNAの配列とレファレンス株として用いたカナダのヒト臨床由来のUN C. lari 11760株のそれとは全く同一であった。更に,UPGMA法を用いてリファレンス株を含めて系統樹を作成したところ,C. lariは,他の高温性C. jejuni及びC. coliとは離れて,いくつかの小さなクラスターからなる大きな1つのクラスターを形成することが明らかとなった。以上の様にC.lariの代表的な2つのtaxonであるUPTCと UNC. lariを16SrDNAの配列情報で分子識別できないことが初めて明かとなった。 |
| Abstract |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
When the sequences of nearly full-length of 16S rDNA of the 15 isolates of two representative taxons of Campylobacter lari consisting of 12 urease-positive thermophilic Campylobacter (UPTC) and three urease-negative Campylobacter lari (UN C. lari) were analyzed, the 12 isolates of UPTC showed 99.0-100% sequence similarities, with major hypervariable region of the 15 heterogeneous sites being from nucleotide position 620 to 1110 to each other, the three of UN C. lari showed 99.8-99.9% similarities with the three heterogeneous sites. However, the 15 isolates revealed to share relatively lower sequence similarities of 98.2-98.9%. Alternatively, a total of 40 heterogeneous sites of the seven isolates of UN C. lari including the other four reference strains were located throughout the sequences of the 16S rDNA. Surprisingly, however, one of the UPTC isolates examined showed the identical 16S rDNA sequence to that of a reference UN C. lari strain. The phylogenetic tree constructed by the mean of UPGMA method demonstrated that the UPTC isolates including a reference strain examined formed a cluster having a genetic hypervariablity separate from the isolates of UN C. lari, except for the two isolates described above. Other thermophilic Campylobacters formed some clusters apparently separate from these two clusters. Thus, the present results clearly demonstrated that the species of C. lari is genetically diverse and the two representative taxons of UPTC and UN C. lari cannot be reliably discriminated by use of 16S rDNA sequence data. |
| 書誌情報 |
麻布大学雑誌
en : Journal of Azabu University
巻 11/12,
p. 99-102,
発行日 2006-03-31
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| 出版者 |
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出版者 |
麻布大学 |
| Publisher |
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出版者 |
Azabu University |
| ISSN |
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収録物識別子タイプ |
ISSN |
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収録物識別子 |
1346-5880 |
| 書誌レコードID |
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収録物識別子タイプ |
NCID |
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収録物識別子 |
AA11561468 |
| 著者版フラグ |
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出版タイプ |
VoR |
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出版タイプResource |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| text version |
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出版タイプ |
VoR |
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出版タイプResource |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| format |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
application/pdf |
bull_jau_vol11-12-099.pdf (354.7 kB)
